A partir de finales del siglo XIII y, sobre todo, desde el XIV, Salvaleón comenzó a perder protagonismo. Se vincula este proceso con los conflictos sucesorios en Castilla, la política portuguesa y la consolidación de la frontera mediante el Tratado de Alcañices de 1297, que contribuyó a una mayor estabilidad política en la región. En ese nuevo contexto, otros núcleos como Valverde del Fresno y Eljas fueron ganando importancia, mientras que Salvaleón entró en declive.

Aunque Salvaleón pierde protagonismo en la documentación, aún se conservan referencias vinculadas a la Orden de Alcántara. El texto explica que, ya en la primera década del siglo XV, se documenta Valverde del Fresno, mientras que la encomienda de Alcántara se traslada a Eljas, que terminará absorbiendo a Salvaleón. Este proceso marca el abandono paulatino del castillo y confirma la pérdida de relevancia del enclave en el sistema fronterizo medieval.