Al sur del recinto inferior se encuentra uno de los elementos más significativos del yacimiento: la iglesia. Su planta rectangular, con cabecera orientada al este, responde a modelos habituales en contextos medievales. 

Más allá de su función religiosa, este edificio desempeñaba un papel central en la vida de la comunidad. Las excavaciones han documentado el altar, dos bancos corridos en el paramento norte y sur del ábside y numerosos enterramientos asociados, lo que indica que este espacio también funcionaba como lugar funerario.